Le cancer de la vessie, ou cancer urothélial, est la tumeur la plus courante du système urinaire. Après ablation chirurgicale de la tumeur primaire, la plupart des cancers réapparaissent dans les 5 ans. Pour cette raison, les patients doivent être suivis de manière systématique pendant plusieurs années après leur opération. Les outils pour le diagnostic et la surveillance du cancer de la vessie incluent la cytologie, qui pâtit d’une faible sensibilité, et la cystoscopie, qui est à la fois invasive et coûteuse. Par conséquent, il existe un besoin important de biomarqueurs pour diagnostiquer rapidement le cancer de la vessie et sa récurrence. A cet effet, des tests non invasifs ciblant des composés urinaires seraient particulièrement attractifs.

Dans le contexte du projet Européen DECanBio, une liste de candidats biomarqueurs urinaires du cancer de la vessie a été établie grâce à des cribles protéomique et transcriptomique, ainsi que par analyse documentaire. Il est à noter que, en raison de la faible puissance des tests statistiques utilisés lors de ces études dites « à haut débit », une proportion non négligeable de ces candidats biomarqueurs est constituée de fausses découvertes. L’évaluation systématique des potentiels candidats biomarqueurs constitue l’étape limitante à la réalisation de tests cliniques. Une telle évaluation nécessite des recours à des méthodes de protéomique à grande échelle qui utilisent la spectrométrie de masse ciblée (SRM : Selected Reaction Monitoring). Ces méthodes permettent ainsi d’analyser des centaines de peptides signatures en évaluant des milliers de signaux par échantillon. Toutefois, en raison de la complexité des échantillons analysés, certains signaux peuvent souffrir d’interférences avec d’autres espèces présentes dans l’échantillon, ce qui induit des incohérences dans les estimations de l’abondance de certaines protéines. 

En collaboration avec le Centre de Recherche Public Santé Luxembourg, nous avons mis au point une méthode efficace et robuste pour traiter les données SRM à large échelle. Ceci inclue la réduction des données brutes, le filtrage des mesures de mauvaise qualité, la normalisation des signaux pour chaque protéine et l’estimation des niveaux d’abondances des protéines. Par cette méthode, une sélection de 134 protéines potentiellement associées au cancer de la vessie a été évaluée à partir d’une cohorte de patients atteints de cancer et des contrôles correspondants. Cette étude a permis d’établir une liste de priorité des candidats biomarqueurs les plus prometteurs dans le but de guider de futures études de validation clinique.