Ce service est issu d’une expérience de près de 10 ans dans le domaine de la protéomique. Il concrétise la volonté de mettre à la disposition de nos collaborateurs et clients les outils d’analyse protéomique les plus performants. Ces outils sont le résultat d’un transfert technologique permanent entre la plate-forme EDyP-Service et les groupes de recherche technologique d'EDyP. 

Les moyens techniques mis à la disposition de cette plate-forme concernent à la fois des spectromètres de masse très performants pour l’identification de peptides obtenus après digestion enzymatique des protéines, et un environnement informatique dédié développé par les informaticiens du Laboratoire pour la gestion de l’activité de la plate-forme, la validation des résultats d’identification des protéines, la traçabilité et la sauvegarde des analyses réalisées.

Les atouts qui font de cette structure une plate-forme sollicitée par de nombreuses équipes académiques et industrielles locales et nationales sont :

• Une instrumentation à la pointe, permettant d’analyser des protéines présentes en très faible quantité (de l’ordre la femtomole, soit ^10-15 mole). Cette instrumentation a été choisie de façon à être adaptée à l’analyse d’échantillons biologiques complexes pouvant être composés de plusieurs centaines, voire milliers, de protéines (par exemple des fluides biologiques comme le sérum, le liquide céphalo-rachidien, l’urine).

• Une expertise qui couvre l’ensemble du processus analytique. Cette expertise facilite le dialogue entre le demandeur et les ingénieurs de la plate-forme, notamment dans le but de choisir la stratégie analytique la plus appropriée, et d’améliorer ainsi la pertinence des données produites.

• Un contrat clair entre la plate-forme et le demandeur, mentionnant les droits et devoirs de chacun. La tarification, calculée à partir des coûts réels des analyses, apparaît très clairement dans ce document.

• un véritable engagement qualité lors du traitement et du suivi de la demande d’analyse. Le demandeur est tenu au courant de l’avancée des étapes de l’analyse et un logiciel développé par les informaticiens du Laboratoire (ePIM™, voir article suivant) permet l’organisation des projets, le stockage et la sauvegarde des données dans un souci de traçabilité. Grâce à cette démarche, la plate-forme devrait être certifiée ISO 9001 en juillet 2009.

Les résultats des analyses protéomiques qui sont réalisées dans le cadre de collaborations conduisent fréquemment à des publications scientifiques. Quelques exemples peuvent être donnés :
• La plate-forme a été en mesure d'identifier exhaustivement l'ensemble des protéines de Toxoplasma gondii (agent de la toxoplasmose) qui, après une modification très particulière, nommée sumoylation, acquièrent leur virulence lors de l'invasion de la cellule infectée (équipe d’Ali Hakimi, Institut Jean Roget, Grenoble)
• Dans le cadre du programme « Toxicologie Nucléaire Environnementale » et en collaboration avec l'équipe de Jacques Bourguignon équipe Plante Stress et Métaux du laboratoire Physiologie Cellulaire & Végétale de notre institut, les modifications du protéome de la plantule Arabidopsis thaliana en réponse à un stress provoqué par le cadmium ont été étudiées. Combinées à l’analyse des métabolites de la plante, ces études ont permis de décrypter les principaux mécanismes de réponse de la cellule végétale à ce type de stress. Par ailleurs, une analyse exhaustive du protéome de la vacuole, structure intracellulaire jouant un rôle essentiel dans la détoxication des métaux lourds et des xénobiotiques, a pu être réalisée.