Thèse soutenue le 12 décembre 2019 pour obtenir le grade de docteur de la Communauté Université Grenoble Alpes - Spécialité : Biotechnologie

Résumé :
L’ADN s’organise via les histones, les principaux acteurs dans la compaction du matériel génétique. L’évolution technologique a favorisé la découverte de nombreux variants protéique. Toutefois, l’annotation de ces derniers s’est faite de manière non conventionnelle, compliquant leur identification par spectrométrie de masse. Ainsi, j’ai développé une banque de données exhaustive, intitulée MS_HistoneDB, dédiée à la détection des variants d’histone par spectrométrie de masse. MS_HistoneDB permet l’utilisation d’échantillons murin et humain. En outre, l’utilisation de tests immunologiques permet difficilement de discriminer au niveau protéique des variants quasi-similaire. Ainsi, j’ai développé une méthode d’analyse de spectrométrie de masse ciblée pour détecter et quantifier les variants d’histones en un essai multiplexe. Cette méthodologie a été appliqué dans l’investigation de la chromatine au cours de la spermatogenèse, dans des modèles murins, physiologique ou pathologique mimant l’infertilité masculine.
Un autre aspect de mon travail s’est intéressé aux protéines liant les formes modifiées des histones. Ainsi, j’ai étudié les « readers »de la famille BET (Bromodomaine et Extra-terminal domain). Ces protéines sont recrutées sur la chromatine via leurs bromodomaines, module spécifique reconnaissant les histones acétylées. Leur domaine extra terminal joue le rôle de plateforme de recrutement de régulateurs transcriptionnels. Ces protéines sont conservées chez la levure Saccharomyces cerevisiae, et également chez les pathogènes fongiques responsables d’infections invasives, où l’unique membre est appelé Bdf1. Ainsi, j’ai étudié le domaine extra-terminale de Bdf1 et démontré qu’il est essentiel à la survie des levures. Puis, j’ai exploré les mécanismes moléculaires impliqués. Enfin, des inhibiteurs sélectifs sont en cours de développement dans des espèces de levure pathogène.
L’ensemble de ces travaux ouvrent la voie au développement d’une nouvelle classe thérapeutique d’antifongiques.

Jury :
Président : M. Saadi Khochbin
Rapporteur : M. Charles Pineau
Rapporteur : Mme Alix Coste
Examinateur : M. Jean Breton
Examinateur : M. Didier Trouche
Directeur de thèse : M. Jérôme Govin
Co-directrice de thèse : Mme Delphine Pflieger

Mots clés :
Chromatine, variants d’histones, protéomique ciblée, Candida spp., protéines BET

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