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Nolwenn Jarno

Caractérisation du protéome vacuolaire de la plante modèle Arabidopsis thaliana et étude de son rôle dans la détoxication du cadmium

Publié le 1 décembre 2011


Soutenue le 01 décembre 2011 pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Joseph Fourier de Grenoble - Spécialité : Chimie Biologie

Résumé :
Afin de mieux comprendre les mécanismes du trafic cellulaire, les processus de transport des substrats vacuolaires à travers le tonoplaste, le stockage des métabolites et leur dégradation, une analyse globale et exhaustive du protéome vacuolaire d'Arabidopsis thaliana a été réalisée. La connaissance de la localisation subcellulaire des protéines permet de mieux comprendre la fonction des organelles et la compartimentation du métabolisme des plantes. Mais la description précise du protéome d'un organite nécessite d'identifier clairement les véritables protéines résidantes du compartiment étudié. Une tâche si précise est complexe puisqu'elle nécessite la mise en place d'une préparation d'organites purs et homogènes. Pour y parvenir, un protocole de purification de vacuoles à partir de protoplastes isolés de cellules en culture sur ​un gradient de densité de Ficoll a été amélioré. La combinaison de plusieurs approches de protéomique a permis d'identifier les protéines présentes dans les fractions vacuolaires soluble et membranaire de façon quantitative et fonctionnelle. Les différentes approches ont ainsi mis en évidence des associations et mécanismes moléculaires complexes qui régissent les différentes activités vacuolaires. Cette protéothèque de référence constitue une base pour étudier la dynamique du protéome vacuolaire en réponse à plusieurs s​tress incluant les métaux lourds. Plusieurs méthodes sans a priori et ciblée ont été proposé afin d'étudier l'impact du cadmium sur la vacuole, ce compartiment cellulaire clé de la détoxication.

Jury :

Rapporteur : Dr Odile Schiltz
Rapporteur : Dr Jean Armengaud
Examinateur : Pr Christelle Breton
Examinateur : Dr Michel Jacquinod
Directeur de thèse : Dr Jacques Bourguignon
Co-directeur de thèse : Michel Jaquinod

Mots-clés :
Vacuole, protéomique, spectromètrie de masse, cadmium, Arabidopsis, SRM

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