Thèse soutenue le 1er avril 2005 pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Joseph Fourier de Grenoble I - Discipline : Biologie
Résumé :
L'étude de la dynamique d'expression des protéines, étude qui est indispensable pour appréhender les grands mécanismes de fonctionnement de la machinerie cellulaire, nécessite la mise au point de techniques d'analyses protéomiques différentielles. De part leur implication dans de très nombreux processus cellulaires, les protéines membranaires font l'objet d'études particulièrement attrayantes. Le laboratoire ayant acquis depuis plusieurs années une expertise dans le domaine de l'analyse des protéines membranaires, nous avons entrepris de développer différentes méthodes d'analyses protéomiques différentielles des protéines membranaires :
• Le marquage isotopique différentiel des protéines à l'aide de réactifs chimiques de type ICAT a tout d'abord été adapté à l'analyse d'une protéine membranaire modèle (le transporteur ADT/ATP mitochondrial bovin). La stratégie choisie, qui consiste notamment à réaliser le marquage en présence de concentrations élevées de SDS et d'urée, a été ensuite appliquée à l'analyse quantitative de fractions membranaires de thylacoïdes (de la plantule
Arabidopsis thaliana) et de cellules souches murines. La mise en évidence d'un marqueur membranaire des cellules souches murines totipotentes valide cette stratégie.
• L'analyse quantitative des protéines à l'aide de peptides trypsiques marqueurs a également été exploitée dans le cadre d'une étude approfondie portant sur les protéines membranaires localisées dans l'enveloppe des chloroplastes de plantules d'Arabidopsis thaliana sauvage et mutante (délétion d'un transporteur hypothétique IE18).
La mise au point de ces différentes méthodes a également contribué à évaluer les performances des nouveaux logiciels dédiés aux analyses protéomiques quantitatives qui sont actuellement développés au laboratoire.
Jury :
Président : François Berger
Rapporteur : Bernard Monsarrat
Rapporteur : Charles Pineau
Examinateur : Catherine Manin
Examinateur : Jérôme Garin
Invité : Jacques Joyard
Directeur de thèse : Jérôme Garin
Mots-clés :
Spectrométrie de masse, Protéomique, Protéines membranaires, Marquage isotopique, Expression de protéines