​Thèse soutenue le 20 décembre 2001 pour obtenir le grade de Docteur de l'Université Joseph Fourier de Grenoble I - Discipline : Biologie

Résumé :
Les études protéomiques de compartiments cellulaires consistent à identifier de façon systématique leurs constituants protéiques, notamment grâce aux informations fournies par des spectromètres de masse. Nous avons utilisé cette approche pour analyser plusieurs compartiments cellulaires associés à la voie endocytaire. Ces études ont permis non seulement de mieux comprendre les compartiments analysés mais surtout de mettre en évidence de nouvelles protéines, dont certaines font à présent l'objet d'études spécifiques.
L'identification des protéines sécrétées par les neutrophiles humains activés a conduit à la caractérisation de trois protéines particulièrement intéressantes : la chitotriosidase, la PGRP-S et la protéine GW112. Probablement stockées dans les granules des neutrophiles, ces protéines jouent certainement des rôles dans la lutte contre les micro-organismes pathogènes.
L'étude protéomique des exosomes nous a permis de mieux comprendre la fonction et la biogenèse de ces petites vésicules sécrétées par les cellules dendritiques. Leur origine dans la voie endocytaire a notamment été confirmée, et plusieurs protéines pouvant être impliquées dans la fixation et la présentation des antigènes ainsi que dans le ciblage et la reconnaissance par d'autres cellules ont été identifiées.
Enfin deux nouvelles protéines associées aux membranes des lysosomes ont été découvertes. La première semble posséder neuf hélices transmembranaires et présente des homologies avec des transporteurs d'UDP-Galactose et de N-acétylglucosamine de l'appareil de Golgi. La séquence de la seconde protéine, l'onzine, contient un domaine riche en cystéines qui présente des homologies importantes avec les métallothionéines, de petites protéines capables de fixer des métaux lourds et intervenant dans la lutte contre le stress oxydant. Une étude de caractérisation poussée de l'onzine a été initiée, comprenant le clonage et le marquage du gène correspondant et la production d'anticorps spécifiques.

Jury :
Président : Rémy Sadoul
Rapporteur : Isabelle Maridonneau-Parini
Rapporteur : Michel Jadot
Examinateur : Sebastian Amigorena
Examinateur : Jérôme Garin
Directeur de thèse : Jérôme Garin

Mots-clés :
Protéomique, voie endocytaire, granules des neutrophiles, lysosomes, exosomes

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