 Laboratoire impliqué |
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Laboratoire Transporteurs en Imagerie et Radiothérapie en Oncologie de l'Institut de Biosciences et de Biotechnologies d’Aix-Marseille (BIAM/TIRO). |
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| Contexte scientifique |
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Le Laboratoire TIRO s'intéresse essentiellement à deux protéines membranaires exprimées sur les cellules thyroïdiennes et impliquées dans le métabolisme de l’iode. Pour étudier ces protéines, ce laboratoire a recours à l’imagerie cellulaire qui permet de suivre de grandes quantités de cellules (plusieurs dizaines de millions) dans le temps. L’analyse des données extraites des images nécessite des outils adaptés à cette volumétrie importante.
Aucun outil informatique ne permet actuellement d’analyser facilement ces grands volumes de données. La nécessité de développer un logiciel adapté s'est donc vite fait ressentir. |
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| Description du projet |
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Le projet est composé de deux parties :
- adaptation du logiciel TOPCAT, développé par le laboratoire d’astrophysique de l’université de Bristol pour l’analyse de données massives extraites d’images
- développement du logiciel IDEA permettant de tracer les analyses effectuées via TopCat sur les différents projets du laboratoire. |
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| Technologies utilisées |
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| Application web responsive développée avec Java (Spring, JPA, JUnit), des frameworks CSS / Javascript (Foundation for apps, AngularJS 1…), Maven, PostgreSQL. |