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AFMData : Gestion d'images de miroscopie à force atomique (AFM)

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Laboratoire Interactions et Reconnaissance Moléculaires de l'Institut de Biosciences et de Biotechnologies d’Aix-Marseille (BIAM/LIRM).
Contexte scientifique
Le laboratoire LIRM utilise la microscopie à force atomique (AFM) comme instrument principal. L'AFM, comme toutes les microscopies, génère une grande quantité d'images. Cependant, l'AFM n'est pas encore une technique de routine et l'acquisition d'images reste un long labeur de patience et de persévérance. C'est pourquoi un grand nombre d'images est collecté.

La difficulté est de pouvoir organiser de manière postopératoire toutes ces images dans une structure hiérarchisée et annotée pour une conservation dans le temps. En effet, il est fréquent de réutiliser des anciennes images pour lesquelles toutes les informations d'acquisition ne sont plus disponibles car non renseignées.
Description du projet
Afin de faciliter la gestion de cette importante quantité d'images, un logiciel appelé AFMData est actuellement en cours de développement. Ce logiciel permettra de :
- stocker les fichiers images AFM
- annoter ces fichiers (conditions expérimentales, paramètres d'acquisition…)
- retrouver les fichiers qui correspondent à un certain nombre de critères de recherche
Technologies utilisées
Application lourde développée avec Java (Netbeans Platform, Spring, JPA, AspectJ, JUnit), MySQL.
Interview de février 2013 de Jean-Luc Pellequer
Que vous apporte le logiciel dans votre travail ?
Il impose une plus grande cohésion dans l'archivage des expériences. C'est une bonne base de stockage des modes opératoires en associant les fichiers de données correspondants. Il facilite la recherche de résultats d'expérience et assure une garantie de sauvegarde des protocoles et des données. Il est conforme au système qualité mis en place au SBTN.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
Tout simplement parce que nous n'avons pas les compétences pour prendre en charge un projet informatique.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
Cette partie du projet a été brillamment menée par le GIPSE. Des améliorations constantes ont été proposées pour non seulement arriver à l'objectif souhaité mais aussi pour le dépasser. Je pense que c'est le point fort de l'équipe GIPSE. Les points projets ont été menés avec un grand professionnalisme qui mérite d'être connu et reconnu dans la DSV.