Vous êtes ici : Accueil > Le GIPSE > Logiciels développés au GIPSE > miRViz : Visualisation de données de microARN

miRViz : Visualisation de données de microARN

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Laboratoire de Biologie à Grande Échelle de l'Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG/BGE)

Contexte scientifique

Les microARN sont de petits ARN qui régulent l’expression des protéines. Chaque microARN cible l’expression d’un grand nombre de gènes. De même, de nombreux gènes sont ciblés par plusieurs microARN. En tant que régulateurs majeurs de l’expression des gènes, les microARN sont impliqués dans de nombreux processus biologiques et pathologies, en particulier les cancers.
L’équipe Biomics du laboratoire BGE a développé une approche globale pour étudier l’ensemble des microARN à partir d’algorithmes existant de prédiction de cibles. Ainsi, pour chacun des algorithmes utilisés, a été construit un réseau de microARN dans lequel chaque nœud correspond à un microARN, un lien étant tracé entre deux microARN s’ils partagent suffisamment de cibles prédites. L’étude de ces réseaux sur lesquels peuvent être affichées des données d’expression de microARN, permet par exemple d’identifier des microARN voisins impliqués dans une pathologie.

Description du projet

Le projet miRViz a abouti à un logiciel permettant de visualiser les réseaux de microARN produits par le laboratoire. Ce logiciel comporte les fonctionnalités suivantes :
- affichage de plusieurs réseaux en parallèle pour une comparaison aisée
- colorisation des réseaux selon des données d’expression de microARN (tissus sains, tissus malades…)
- export de tout ou partie d’un réseau.

La version actuelle de miRViz est accessible sur le site web du PRABI.



Technologies utilisées

Application web responsive développée avec Java (Spring, JPA, JUnit), des frameworks CSS / Javascript (Semantic-UI, React, D3JS…), Maven.

Interview de Laurent Guyon

Que vous apporte le logiciel dans votre travail ?
Il s’agit d’un site web permettant de visualiser des données de microARN (expression, score phénotypique, etc.) sur un réseau de microARN. Nous avons construit différents réseaux de microARN dans un précédent travail et souhaitons le partager à la communauté des microARN avec cet outil. Plus précisément, on peut comparer des jeux de données de microARN sur un à quatre réseaux de microARN.
Le site web nous apporte une facilité d’intégration des données de microARN sur le réseau, et une facilité à comparer facilement les jeux de données. Il est aussi et surtout utile pour partager cet outil avec la communauté de biologistes des microARN.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
Nous avons fait appel au GIPSE pour le développement de l’application web car ils possèdent ces compétences que nous n’avons pas en interne.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
Très bien! Les interactions ont toujours été constructives et claires. Je souhaite noter d’une part le professionnalisme mis en œuvre tout au long de ce projet et d’autre part la proposition d’une nouvelle fonctionnalité non demandée et qui est bien pratique : il s’agit de mettre en valeur facilement les microARN d’intérêt.