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VIDEOCELL : Visualisation d’images de vidéomicroscopie

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Laboratoire de Biologie à Grande Echelle de l'Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG/BGE)
Contexte scientifique
Un nouveau type de lecteur de microplaque 96 puits a été développé au laboratoire BGE (équipe Biomics) pour la vidéomicroscopie time-lapse parallélisée de cultures cellulaires dans un incubateur.

Le principe d'imagerie repose sur une matrice de 96 capteurs d'image issus de la téléphonie mobile, disposés en un réseau 8_12 afin de disposer un capteur d'image sous chaque puits d'une microplaque. Les principales applications sont le criblage de drogues et de conditions de culture ainsi que le monitoring à long terme de cultures cellulaires.
Description du projet
Le projet consiste à développer le logiciel VIDEOCELL qui permet de :
- visualiser l'importante quantité d'images collectées par ce lecteur de microplaque
- gérer la mise en forme graphique interactive des données extraites de ces images.
Technologies utilisées
Application lourde développée avec Java (Netbeans Platform, Spring, AspectJ, JUnit), Maven.
Interview de novembre 2014 de Vincent Haguet
Que vous apporte le logiciel dans votre travail ?
Nous employons le logiciel VIDEOCELL pour visualiser et analyser des séries d’images issues de la vidéomicroscopie de microplaques 96-puits. Nous n’étions pas satisfaits des logiciels existants qui ne permettent pas de traiter 96 jeux d’images de manière conviviale. Le logiciel VIDEOCELL est un outil souple, ergonomique et entièrement centré sur l’analyse de microplaques. Il a tout de suite été intégré dans nos pratiques quotidiennes. Des visiteurs qui connaissent les solutions concurrentes ont également été frappés par la qualité du logiciel.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
Notre équipe ne possédait pas les compétences en interne pour programmer un tel logiciel. Par ailleurs, le GIPSE avait accepté d’expertiser les spécifications d’un autre logiciel en projet il y a quelques années, et j’avais alors été convaincu par le niveau d’expertise du GIPSE.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
J’ai dégagé une enveloppe budgétaire sur un financement ANR que je venais d’obtenir. Ce financement a été utilisée pour recruter un développeur en CDD pendant 7 mois. Le GIPSE a assuré le recrutement et l’encadrement de ce développeur. J’ai été très agréablement surpris de la vitesse à laquelle le logiciel VIDEOCELL a été programmé : une première version m’a été présentée très rapidement, et j’ai pu tester et commenter les nouvelles fonctionnalités du logiciel à une fréquence soutenue. Le développement du projet m’a paru très professionnel.