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TAMIS : Recherche de molécules bioactives sur des cibles cellulaires

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Centre de Criblage pour Molécules Bioactives de l'Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG/CMBA)

Contexte scientifique
Le criblage automatisé de collections de molécules (chimiothèques) permet de découvrir des molécules actives sur des systèmes biologiques (molécules bio-actives). Celles-ci munissent la recherche de nouveaux « outils » moléculaires et permettent l'étude de fonctions biologiques.

L'activité de criblage de plusieurs milliers de composés a besoin de moyens informatiques adaptés, tant pour la sauvegarde et l'analyse des résultats et des paramètres des criblages que pour l'exploitation globale des informations relatives aux interactions molécules-cibles. C'est la raison pour laquelle le logiciel TAMIS a été développé.
Description du projet
Le projet consiste à développer le logiciel TAMIS qui comporte les fonctionnalités suivantes :

• gestion des informations relatives aux molécules : généalogie des plaques pour le suivi qualité, interrogation des informations chimiques ou non chimiques relatives aux molécules disponibles sur la plateforme
• gestion d'informations relatives aux expérimentations
• stockage des résultats de criblages
• analyse des résultats de criblages (
Figure suivante)
Si vous souhaitez visualiser une démonstration de TAMIS, cliquez ici.


Interface permettant d'analyser les signaux d'un criblage.
Chaque point correspond à un signal. En cliquant sur un point, l'utilisateur peut visualiser la molécule sur laquelle le signal a été acquis. Sur la base de ces signaux traduisant l'activité des molécules testées, une valeur de signal (dit seuil de bio-activité représenté ici par une ligne rouge) est déterminée, scindant en deux sous-ensembles les résultats du criblage : l'ensemble des molécules supposées bio-actives (points en rouge) et l'ensemble des molécules supposées bio-inactives (points en bleu). Les molécules contrôles sont représentées en vert (contrôles négatifs) et en jaune (contrôles positifs).
Technologies utilisées
Application lourde développée avec Java (Swing, Spring, JPA, AspectJ, JUnit, Java2D, JFreeChart) PostgreSQL .
Interview de janvier 2013 de Caroline Barette
Que vous apporte le logiciel dans votre travail ?
TAMIS me permet d'une part de gérer les données relatives aux chimiothèques dont nous disposons au laboratoire, et d'autre part de gérer et analyser les données issues des campagnes de criblages de ces mêmes chimiothèques ; TAMIS présente l'avantage majeur de me permettre de faire un lien sécurisé entre données de criblage et molécule associée à chacune de ces données. TAMIS permet enfin de réaliser rapidement les analyses avec différents traitements statistiques possibles et de regrouper les données relatives aux chimiothèques et aux criblages dans la même base.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
TAMIS a été initialement développé dans notre institut, sous le nom de Phenoscreen ; il était logique que le GIPSE continue à prendre en charge son développement, d'autant qu'il en a toutes les compétences. En plus la proximité entre CMBA et GIPSE est je pense cruciale pour un développement rapide et adapté.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
Elle s'est très bien passée ; le GIPSE nous aide à définir le cahier des charges et définit les spécifications ; il a su trouver les partenaires (prestataire ou stagiaires) compétents, en accord avec le budget dont nous disposons, et les encadre parfaitement bien. On peut totalement se « reposer » sur le GIPSE pour mener les projets de développement.