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SeedUSoon : Gestion de lignées de plantes transgéniques

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Laboratoire de Biologie du Développement des Plantes de l'Institut de Biosciences et de Biotechnologies d’Aix-Marseille (BIAM/LBDP).
Contexte scientifique
Le Laboratoire LBDP s'intéresse à l'impact de la carence en phosphate sur la physiologie des plantes. Comme pour de nombreuses équipes travaillant dans le domaine du végétal, ses programmes de recherche nécessitent la génération de nombreuses lignées transgéniques, requérant un suivi méticuleux de l'origine des plantes, de leur devenir, et du stockage de leurs graines.

Très peu d'outils informatiques permettent de garantir une bonne traçabilité des expériences, ce qui génère une énorme perte d'information ou de temps pour retracer ces informations à partir des cahiers de laboratoire. La nécessité de développer le logiciel SeedUSoon s'est donc vite fait ressentir.
Description du projet
Le logiciel SeedUSoon permet de tracer les informations suivantes pour chacune des lignées du laboratoire :
- origine (croisement entre lignées, mutagenèse d'une lignée…)
- mutations
- plantes (phénotype…)
- graines (lieu de stockage…)
Un moteur de recherche permet de retrouver rapidement les lignées correspondant à un certain nombre de critères de recherche.
Technologies utilisées
Application lourde développée avec Java (Netbeans Platform, Spring, JPA, AspectJ, JUnit), Maven, MySQL.
Interview de janvier 2013 d'Hélène Javot
Que vous apporte le logiciel dans votre travail?
SeedUSoon nous permet de connaître et suivre les lignées de graines présentes au sein de notre laboratoire. Nous pouvons savoir où elles sont rangées, si elles ont été caractérisées, quel est leur patrimoine génétique, leur généalogie. Désormais, dès que quelqu’un cherche des graines, il va d’abord voir au sein de ce logiciel à qui s’adresser. Cela peut aussi éviter des efforts inutiles… Par exemple, un membre du laboratoire pouvait entamer des démarches pour obtenir des graines d’un autre labo, alors qu’elles étaient déjà présentes dans un tiroir d’un collègue… D’une manière générale, cela permet un net gain de temps et d’efforts, tout est répertorié en une seule interface. Cela permet aussi de garder une traçabilité de notre travail, et suivre la contribution de tous, même des personnes ayant quitté le laboratoire.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE?
Nous étions à la recherche de personnes compétentes en informatique pour nous aider à améliorer un logiciel existant. Nous recherchions une aide au sein du CEA, dans la mesure du possible. Une présentation du GIPSE ayant eu lieu à Cadarache nous a permis de découvrir leur activité. Cela correspondait à ce que nous recherchions.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE?
La double compétence du GIPSE en informatique et en biologie est très utile pour ce type de projet, car cela facilite grandement le dialogue. Le GIPSE sait se mettre à la portée de notre niveau de connaissance du monde de l’informatique, tout en développant un logiciel répondant vraiment à nos demandes. Au final, la collaboration s’est très bien passée, et cela continue!
 
Publication
Charavay C, Segard S, Pochon N, Nussaume L and Javot H
Seedusoon: A new software program to improve seed stock management and plant line exchanges between research laboratories.
Frontiers in Plant Science, 2017, 8: Article number 13