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RoBioMOL : Gestion de campagnes de clonage de gènes et d'expression de protéines

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Plateforme de clonage de gènes de l'Institut de Biologie Structurale (ISBG)
Contexte scientifique
Les manipulations de biologie moléculaire (clonage, PCR, mutagenèse…) et surtout l'expression des protéines recombinantes sont toujours un défi et les chercheurs y consacrent souvent un temps considérable.

La plateforme RoBioMol du Groupe Pneumocoque offre un ensemble de services, utilisant des automates de manipulation de liquide, couvrant le clonage, la mutagenèse dirigée, les tests d'expression dans E. coli et la purification à petite échelle par chromatographie d'affinité de protéines recombinantes.
Description du projet
Le projet a abouti au développement de deux logiciels permettant de gérer les données de la plateforme :

• Logiciel RoBioNet : Gestion des commandes clientes

• Logiciel RoBioLIMS : Gestion et traitement des données et des résultats des expériences réalisées sur la plateforme.
Technologies utilisées
Application web développée avec Java (GWT, Spring, JPA, JUnit), PostgreSQL.
Interview de janvier 2013 de Marjolaine Noirclerc
Que vous apporte RobioLIMS et RobioNET dans votre travail ?
Ce sont 2 outils indispensables au bon fonctionnement de la plateforme RoBioMol. RoBioNET permet aux clients de saisir les informations liées à leurs commandes afin de les intégrer automatiquement dans notre base de données RoBioLIMS. RoBioLIMs permet de faire le lien entre la base de données et l'automate sur lequel les expériences sont réalisées. Cette base de données permet aussi de stocker les résultats clés obtenus et de générer automatiquement un rapport client qui les contient.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
Nous avons fait appel au GIPSE pour avoir un outil fiable et évolutif. Nous avions développé nos premières bases de données à l'aide d'étudiants. L'évolution de ces bases s'est avérée compliquée par l'absence de personnel dédié, et le manque de documentation détaillée. Le GIPSE a réalisé un travail complet, extrêmement bien détaillé qui assure la longévité de ces développements.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
La collaboration s'est très bien passée. L'échange avec le GIPSE a été régulier ce qui nous a permis de suivre pas à pas l'avancé du projet. Les membres du GIPSE ont su vulgariser au maximum leurs développements pour assurer l'échange et la compréhension entre les deux équipes. La documentation laissée à l'issue de ce travail est un support indispensable qui nous sert régulièrement. En cas de problèmes, l'équipe est toujours disponible pour y répondre dans de très bref délais.