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OptiLink : Génération de scripts pour le pilotage d'un robot d'une plateforme de cristallisation de protéines

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Plateforme de cristallisation de protéines de l'Institut de Biologie Structurale (IBS).
Contexte scientifique
La plateforme de cristallisation de l'IBS offre la possibilité de tester de nombreuses solutions de cristallisation provenant de kits commerciaux (environ 1000 conditions). Cette étape de criblage étant complètement automatisée, les chercheurs peuvent obtenir rapidement des informations sur les conditions de cristallisation de leurs échantillons.

Ce criblage de conditions prédéfinies peut parfois suffire à trouver les conditions de tampon, de sels et d'agent précipitant, nécessaires à l'obtention d'un cristal, mais dans la majorité des cas, il faut affiner une ou plusieurs conditions de cristallisation, ayant donné des résultats prometteurs. Pour le chercheur, cette phase d'optimisation peut-être longue et complexe, car il faut souvent affiner plusieurs conditions différentes pour une même protéine.
Description du projet
Afin de simplifier l'optimisation des conditions de cristallisation, la plate-fome de cristallisation de l'IBS a développé le logiciel OptiCrys qui permet de définir virtuellement le contenu d'une plaque de cristallisation.

Le projet mené avec le GIPSE a abouti au développement du logiciel OptiLink qui permet de générer des scripts de pilotage du robot utilisé pour remplir les plaques de cristallisation définies via OptiCrys. Ce logiciel permet d'accélérer considérablement le temps de traitement des demandes de cristallisation (chaque demande nécessite actuellement plus de 30 minutes de programmation du robot par l'expérimentateur).

Le logiciel OptiLink est distribué sous licence CeCILL-C sur le site de l'IBS.
Technologies utilisées
Application lourde développée avec Java (Swing, Spring, AspectJ, JUnit).
Interview de janvier 2013 de Delphine Blot
Que vous apporte le logiciel dans votre travail ?
OptiLink a automatisé/optimisé la programmation du pilotage du robot et simplifié le suivi/contrôle des analyses des clients. C'est donc un gain de temps pour les 3 plateformes qui l'utilisent.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
Nous avons fait appel au GIPSE pour leur double compétence informatique / biologie. Leur expertise a permis de développer une application répondant parfaitement à nos besoins.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
Nous avons apprécié leur écoute, le climat d'échange et le cadrage mis en place tout au long du projet (et même après avec le support et la maintenance).