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IDEA : Analyse de données issues de l’analyse d’images de cellules

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Laboratoire Transporteurs en Imagerie et Radiothérapie en Oncologie de l'Institut de Biosciences et de Biotechnologies d’Aix-Marseille (BIAM/TIRO).
Contexte scientifique
Le Laboratoire TIRO s'intéresse essentiellement à deux protéines membranaires exprimées sur les cellules thyroïdiennes et impliquées dans le métabolisme de l’iode. Pour étudier ces protéines, ce laboratoire a recours à l’imagerie cellulaire qui permet de suivre de grandes quantités de cellules (plusieurs dizaines de millions) dans le temps. L’analyse des données extraites des images nécessite des outils adaptés à cette volumétrie importante.
Aucun outil informatique ne permet actuellement d’analyser facilement ces grands volumes de données. La nécessité de développer un logiciel adapté s'est donc vite fait ressentir.
Description du projet
Le projet est composé de deux parties :
- adaptation du logiciel TOPCAT, développé par le laboratoire d’astrophysique de l’université de Bristol pour l’analyse de données massives extraites d’images
- développement du logiciel IDEA permettant de tracer les analyses effectuées via TopCat sur les différents projets du laboratoire
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Technologies utilisées
Application web responsive développée avec Java (Spring, JPA, JUnit), des frameworks CSS / Javascript (Foundation for apps, AngularJS 1…), Maven, PostgreSQL.