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ActinSimu : Simulation de modèles d’auto-assemblage du cytosquelette

Publié le 5 février 2019



Laboratoire impliqué
Laboratoire de Physiologie Cellulaire & Végétale de l'Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG/PCV)
Contexte scientifique
Les cellules contrôlent leur architecture et les contraintes mécaniques qu'elles supportent via une coordination étroite de la dynamique d'auto-assemblage du squelette cellulaire ou cytosquelette composé de polymères biologiques et la modulation de la tension exercée sur ce cytosquelette par des moteurs moléculaires. Toute perturbation des propriétés mécaniques des cellules vivantes peut affecter leurs fonctions physiologiques et par conséquent donner lieu à un état pathologique. Il est connu que certaines maladies, telles que le cancer, induisent des modifications de la mécanique cellulaire.

Pour étudier qualitativement et quantitativement la mécanique des cellules, la génération de forces et les conséquences pour la morphologie cellulaire, l'équipe « Physique du Cytosquelette » du laboratoire PCV utilise différentes approches, dont la modélisation physique des filaments d'actine en interaction ainsi que la simulation numérique des équations obtenues.
Description du projet
Les différents modèles développés par l'équipe PCV étant susceptibles d'intéresser la communauté scientifique, cette équipe a décidé de développer avec le GIPSE, un site web permettant d'exécuter en ligne ces modèles. Ce site est hébergé par l'équipe du GIPSI.
Technologies utilisées
Application web développée en ASP .NET
Interview de février 2013 de Jean-Louis Martiel
Que vous apporte l'interface web d'ActinSimu dans votre travail ?
Elle permet (en complément de la publication) de faire connaître et de mettre à disposition notre travail à la communauté scientifique. Elle permet aussi d’interagir directement avec les personnes qui ont utilisé le logiciel, d’avoir leur feed-back, et plus important, de les contacter et connaître leur domaine de recherche. Ce dernier point est important, car il fournit un moyen simple pour établir d’éventuelles collaborations dans le futur.

Pourquoi avoir fait appel au GIPSE ?
Nous avions besoin de mettre en ligne certains de nos codes de modélisation. N'ayant pas les compétences techniques et juridiques (valorisation), c'est Jérôme Garin qui a conseillé à Laurent Blanchoin de faire appel au GIPSE.

Comment s'est passée la collaboration avec le GIPSE ?
Très bien, j'ai apprécié la rigueur de leur suivi tout au long du projet.