Les méthodes en spectrométrie de masse permettent d'analyser l'ensemble des protéines présentes dans un échantillon biologique choisi. Ces analyses consistent en premier lieu à identifier les protéines sur la base de leur séquence en acides aminés. Des méthodes complémentaires permettent également de quantifier le niveau d'expression des protéines, d'analyser des modifications post-traductionnelles ou des peptides particuliers.

L'informatique est indispensable pour traiter les données issues des spectromètres de masse. L'équipe informatique assure le suivi de l'infrastructure de gestion des volumes de données générés (jusqu'à 200 Go/mois) et la mise en place des solutions logicielles dédiées au traitement de ces données.

Notre expertise en bioinformatique interprête des résultats d'identification validés dans la perspective de la question biologique posée. En effet, l'inférence des connaissances biologiques nécessite des méthodes de bioanalyse appropriées, notamment dans les cas où les analyses consacrées à une question biologique génèrent des listes de données associées à plusieurs milliers de protéines.